Na segunda temporada novos mutantes apareceram, como o Fera e os Recrutas Novos, tais como: Bobby Drake (Homem de Gelo), Tabitha Smith (Boom-Boom), Amara Aquilla (Magma), Jamie Madrox (Múltiplo), Rahne Sinclair (Lupina), Roberto Da Costa (Mancha Solar), Samuel Guthrie (Míssil), Jubilation Lee (Jubileu) e Ray Crisp (Frenético). Durante a temporada os X-Men descobrem que os vilões que supostamente tinham morrido na destruição do Asteróide M estão vivos. Dentes-de-sabre continua sua procura por Wolverine e quase mata Spyke, Vampira e Lince-Negra. Mística adquire a identidade de Risty Wilde, uma estudante do colégio de Bayville que é a melhor amiga da Vampira. Ela quebrou a segurança da Mansão Xavier e roubou os arquivos do Cérebro com a ajuda do jovem Arcade, amigo de Kitty Pryde. Usando esses arquivos, ela descobriu Wanda Maximoff, a Feiticeira Escarlate, filha de Magneto e irmã de Mercúrio. Ela se juntou ao grupo da Mística e, auxiliada por Agatha Harkness, foi vital na derrota dos X-Men na batalha do shopping de Bayville, o objetivo era fazer Wanda destruir Magneto como vingança pelo que ocorreu no Asteróide M, mas a Irmandade não imaginaria que Mercúrio iria ajudar seu pai, acabando por frustar os planos de Mística e Wanda. Antes de terminar a temporada, o telepata Mesmero abre uma das três portas que liberta o mutante desconhecido, En Sabah Hur (Apocalipse).

Durante a temporada ocorrem algumas pequenas batalhas e contra-tempos, tais como: as férias frustadas de Ciclope com seu irmão Alex no Havaí, a luta entre Tempestade e Hungan, que queria tomar os poderes dela para dominar a África, o fato de que Boom-Boom foi morar na Irmandade depois de um problema com seu pai, um incidente envolvendo o Anjo, Magneto, Ciclope e Vampira em Nova Iorque, a formação das “Sereias de Bayville” para combater o crime, a caça feita ao Fera na floresta durante um passeio ao campo com os alunos, descobertas a respeito do passado de Wolverine, Magneto e o famoso Capitão América, durante a 2ª Guerra Mundial e a tentativa de Avalanche de passar a viver com os X-Men, mas que acabou não dando certo.

No final da temporada, Xavier treina rigorosamente os X-Men para enfrentar Magneto e a Irmandade. Ciclope deixa a equipe. A mansão é colocada no modo de autodestruição com os estudantes do instituto ainda dentro. Magneto recruta Dentes-de-sabre, Gambit, Pyro, e Colossus para lutar contra os X-Men e a Irmandade. Ao mesmo tempo, Wolverine é capturado por Bolivar Trask que usa-o como um teste para sua nova arma contra os mutantes, O sentinela. O sentinela é solto na cidade, forçando os X-Men a usarem seus poderes em público. Quando os mutantes que não foram capturados pelo sentinela retornam à mansão, a encontram toda destruída, mas os estudantes estavam a salvo, junto com Ciclope. Scott levanta Xavier da cadeira-de-rodas como demonstração de sua raiva, então Xavier calmamente se levanta e revela sua verdadeira identidade, ninguém menos que a insidiosa Mística.